《中国药用植物志》编写的定位是介绍中围药用植物资源和准确鉴定药用植物的种类（亚种、变种和变型）的工具书，同时反映各种药用植物的现代化学、药理和药材等方面的研究成果和资料，因此编写项目的设定和要求、给出的图像和图版、引证的文献均符合上述目的。
《中国药用植物志》收载有文献记载的中国药用植物12000余种（包括种下分类群），分13卷出版，其中前12卷为正篇，每卷收载1000种左右，每卷后附有该卷收录的药用植物中文名与拉丁名索引；第13卷附篇名为《中国药用植物志词》，汇编了本志收录的药用植物相关学科的专业词汇，兼作综合索引，内容包括全书收载的药用植物中文名称索引、拉丁名称索引、英文名称索引、中拉英名称互译、化学成分的中英文名称互译及其原植物来源等，使其既可作为阅读药用植物的科技文献工具书使用，又可方便查到正篇中词汇的出处。
《中国药用植物志》收载的种类主要为高等植物，亦收集了重要的药用藻类、真菌与地衣。高等植物科的顺序排列：苔藓类采用陈邦杰（1972）的顺序，蕨类植物采用秦仁昌分类系统（1978），裸子植物采用郑万钧分类系统（1978），被子植物采用恩格勒分类系统（1964）（个别科有调整）。低等植物中药用种类较少，依照《中国中药资源志要》（1994）顺序排列，科特征和属、种检索表从略。
高等植物每个科下为总论，主要包括三部分内容。*部分介绍科的简要特征，其中还包括本科植物世界分布的属和种的数目、在我国分布的属和种的数目以及在国内分布的药用属和种的数目；第二部分概括性叙述该科特征性化学成分和主要活性成分及其作用；第三部分为国内本科具有药用种类的属的分属检索表。
对每个属，简要记述属的形态特征，综述属的特征性化学成分和活性成分（或部位），重要的结构类型给出化学结构式，同时扼要地介绍本属植物相同或近似的药理作用。属的记述后给出该属药用植物分种检索表。
药用植物种的记述分重点记述、一般记述两种形式，常用的药用植物作重点记述。
每种药用植物的记载内容包括：中文名（除正名外还应包括别名、地方习用名或民族药名）、拉丁学名（除正名外还应引证基名和药学文献中常用的异名。正名后引用以该学名发表的原始文献，写法参照《中国植物志》，异名的原文献略去）、英文名、习性形态、分布与生境、药用部位、功效应用、化学成分、药理作用、毒性及不良反应、注评和参考文献等项，或其中几项。为了方便鉴定，给出该植物墨线图，并在能收集到的情况下给出原植物和原药材的照片。
中文正名一般采用《中国植物志》或《中华人民共和国药典》（2010年版）的所载名为正名，用黑体字排印。别名用白体字排印，一般不超过5个，个别使用地区广泛的药用植物，别名有可能超过5个。