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Chinese Alligator Conservation Biology扬子鳄是我国特有的珍惜濒危野生动物。本书内容为作者团队10余年来在扬子鳄保护生物学(精)方面的系统性原创成果。本书共11章，内容包括扬子鳄的过去及保护历程、扬子鳄种群种群密度制约、扬子鳄基因组研究、扬子鳄基因组的完善和种群基因组、扬子鳄温度决定性别研究、成年扬子鳄的性别维持机制、扬子鳄孵化期间巢材微生物的变化、扬子鳄肠道微生物的性别差异及变化、扬子鳄冬眠期间独特的能量节省机制及冬眠影响次年繁殖的机制、扬子鳄冬眠期间肠道微生物的变化以及扬子鳄保护工程中的若干建议。

 

第1章 扬子鳄及其保护历程

1.1 扬子鳄的历史与现状

1.2 中国扬子鳄保护工作

1.3 扬子鳄一年的生活周期

1.4 主要科学问题

参考文献

第2章 扬子鳄种群密度制约

2.1 种群选择与数据处理

2.2 种群密度制约因素分析

2.3 雄性密度制约的影响

2.4 本章小结

参考文献

第3章 扬子鳄基因组解析揭示潜水与感官特性的分子基础

3.1 基因组拼接与注释

3.2 基因组特征

3.3 基因组适应趋异

3.4 潜水行为适应

3.5 感觉系统特征

3.6 免疫系统的特征

3.7 性染色体进化与DMRT1选择性剪接分析

3.8 单核苷酸多态性及种群历史分析

3.9 本章小结

参考文献

第4章 扬子鳄野外灭绝的遗传多样性及种群持续下降的基因组分析

4.1 扬子鳄样品采集和基因组组装

4.2 基因组注释

4.3 种群结构分析

4.4 种群历史分析

4.5 种群之间的基因交流

4.6 遗传多样性

4.7 通过ROH推断种群近交历史

4.8 突变负荷

4.9 本地适应性

4.10 讨 论

4.11 本章小结

参考文献

第5章 扬子鳄温度决定性别研究

5.1 扬子鳄卵的采集与孵化

5.2 RNA质量检测结果与测序数据概况

5.3 全局水平上的扬子鳄胚胎性腺转录组差异分析

5.4 局部水平上的扬子鳄胚胎性腺基因差异表达分析

5.5 讨 论

5.6 本章小结

参考文献

第6章 成年扬子鳄性别维持的表观遗传机制

6.1 成年扬子鳄性腺采集及DNA/RNA提取

6.2 成年扬子鳄性腺的转录组分析结果

6.3 成年扬子鳄性腺的甲基化组分析结果

6.4 成年扬子鳄性腺的小RNA组分析结果

6.5 讨 论

6.6 本章小结

参考文献

第7章 扬子鳄巢内微生物群落对孵化时期和巢材成分的动态响应

7.1 样品采集和16S rRNA基因和ITS测序数据情况

7.2 不同巢材组之间的微生物组成差异

7.3 微生物多样性和结构变化

7.4 讨 论

7.5 本章小结

参考文献

第8章 扬子鳄肠道微生物的性别二态性及其在野生环境中的趋同

8.1 微生物群和代谢物样品采集

8.2 微生物群扩增子测序

8.3 性别和年龄偏倚的群落多样性

8.4 性别和年龄偏倚的分类学组成

8.5 成年雌雄扬子鳄差异代谢物分析

8.6 肠道微生物群与血清代谢组的相关性分析

8.7 讨 论

8.8 本章小结

参考文献

第9章 扬子鳄冬眠生态习性的分子调控机制

9.1 样品采集、DNA和RNA提取及建库测序

9.2 测序数据概览

9.3 扬子鳄冬眠期间独特的能量节省机制

9.4 自然冬眠对扬子鳄卵母细胞成熟的关键作用

9.5 讨 论

9.6 本章小结

参考文献

第10章 扬子鳄肠道微生物冬眠适应性宏基因组学研究

10.1 样品采集

10.2 扩增子测序与宏基因组测序结果

10.3 扬子鳄肠道微生物群落组成及其季节性变化

10.4 扬子鳄肠道微生物群落结构分析

10.5 扬子鳄肠道微生物组的冬眠适应性研究

10.6 活跃期扬子鳄肠道微生物组研究

10.7 扬子鳄肠道免疫基因和肠道微生物研究

10.8 扬子鳄肠道菌群结构和组成重塑的驱动因素

10.9 “肠道微生物–宿主”共生体的环境适应性及互作机理

10.10 肠道免疫基因的季节性应答与肠道微生物的互作机理

10.11 病原微生物的来源及保护对策

参考文献

第11章 扬子鳄物种保护的若干建议

索 引

 

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